30: CIVIL WAR: Después de que en un show de TV, los Nuevos Guerreros tengan un incidente que involucra la muerte de muchísimas víctimas, niños incluidos, la ley de registro de superhumanos entra más que nunca en actualidad, para acabar aprobándolos. En el funeral a los muertos, una madre llamada Miriam Sharpe escupe y recrimina a Stark que todo es su culpa, lo que impulsa a este a estar completamente de acuerdo con los acuerdos, y estar controlados por el gobierno. El mundo comienza a desconfiar de los héroes, incluso agreden en una discoteca a Johnny Storm. SHIELD se reúne con el Capitán América, y Hill le cuenta a Steve que quieren que lidere este proyecto a favor de los acuerdos, a pesar de que divida a los héroes. El Capi se niega y pasa a ser un fugitivo de la justicia. Esto hará que Iron Man lidere al grupo de héroes a favor de los acuerdos, encabezados por Stark, Reed y Hank Pym, mientras que héroes en contra de los acuerdos unirán fuerzas con el Capi, como por ejemplo Falcon, Daredevil o Luke Cage. Muchos héroes se dividen en estos dos bandos, pero el de Tony tiene ventaja, ya que convence a Spider-Man, el héroe más popular, a desenmascararse a favor de los acuerdos. También intenta que Pantera Negra, los X-Men y Doctor Strange se unan a él, sin éxito alguno. El Capi forma los Vengadores Secretos, con los miembros fugitivos de la justicia, ahora incluidos los Jóvenes Vengadores. El bando de Iron Man le tienda una trampa al del Capi y se encuentran, luchando y arrestando a algunos de sus miembros. En esta primera pelea, aparece un clon de Thor creado por Reed, muy poderoso, y que mata por error a Goliat. Los héroes quedan devastados por lo que acaba de pasar, y muchos se plantean su lealtad al bando, incluso Sue Storm se enfada con su marido Reed, y se acaba pasando junto a su hermano al bando del Capi. Iron Man queda tan tocado que incluso recluta a villanos para su bando, y se le suma que Peter Parker lo abandona, por lo que pasa a estar fuera de la ley. Los Thunderbolts entonces intentan capturar a Spider-Man por los peores métodos, pero es rescatado por The Punisher a tiempo y lo lleva con el bando de Steve. El bando de Tony ha creado una prisión en la zona negativa, donde mete a todos los fugitivos que encuentran, pero con la ayuda de Punisher, el bando del Capi consigue robar planos de Reed. Mientras, Sue viaja a Atlantis en busca de la ayuda de Namor en el conflicto, aprovechando sus viejos asuntos amorosos. Los dos bandos vuelven a encontrarse en la zona negativa, donde Capa los transporta a NY, y después de una intensa batalla, el Capitán observa a su alrededor mientras peleaba contra Iron Man, y ve que no están luchando por el pueblo, por lo que pasa a rendirse y ser detenido, acabando la batalla. Después de esto, Iron Man es nombrado nuevo director de SHIELD, y algunos Vengadores siguen adelante con la Resistencia.
31: PLANETA HULK: Cuando los Illuminatis mandan a Hulk al espacio, su nave se desvía y acaba en el planeta Sakaar. Aquí lo tratan como un gladiador, y cuando se dan cuenta de que es el más fuerte, lo utilizan en un equipo de combatientes, con otros miembros que conoce y hace amistad, como Korg, Mieg o Elloe. Incluso Silver Surfer aparece, y libera a Hulk del control del gobernante. Este grupo, impulsado por los rebeldes de este planeta, y por la profecía de que Hulk es quien liberará el planeta, se enfrentar al Rey Rojo, y Hulk le gana, convirtiéndose en el nuevo rey. Por otra parte, Amadeus Cho descubre que los Illuminati mandaron al espacio a Hulk. También conoce a Caeira, quien al principio es enemiga, pero se enamoran y la convierte en su reina, llegando incluso a dejarla embarazada. Cuando intenta poner paz en Sakaar, la nave donde llegó Hulk explota, y mata a muchos, incluido Caeira. Hulk entonces busca vengarse de la Tierra.
32: CIVIL WAR: LOBEZNO: Lobezno busca venganza por su mano contra Nitro, el causante de la explosión de Stamford, aunque los X-Men y Iron Man le han advertido que no se meta. Lo encuentra, pero es interrumpido por atlantes, encabezados por Namor, que buscan venganza por la muerte de Namorita. Lobezno viaja a Atlantis con una armadura acuática de Iron Man, y se entera de que Damage Control está detrás de la explosión. Logan se ha saltado la ley, por lo que Sentry lo captura y pasa a ser fugitivo de los acuerdos. Logan escapa de SHIELD y va a por el CEO de Damage Control, quien tiene unas pastillas que proporcionan mayor poder, y acaba con él.
33: CIVIL WAR: SPIDERMAN: Peter Parker, con la ayuda de MJ y su tía May, toma la decisión de apoyar a Iron Man en la Civil War, debido a el cariño que ha depositado en el y su familia. Incluso Peter se desenmascara a favor de los acuerdos, lo que causa un gran revuelo. JJ Jameson le denuncia, los villanos conocen la identidad de Spiderman y Peter se hace famoso. Peter duda de si está en el bando correcto mientras sigue la pelea, incluso llega a enfrentarse con el Capitán América, a quien tiene el mayor respeto. Peter asume su error y huye de la Torre Stark, se esconde junto a MJ y May, y lucha ahora en el bando del Capi, traicionando a Iron Man. Kingping planea la muerte de Peter Parker y su familia desde la cárcel, enviando un francotirador. Cuando Peter regresa de la batalla final, el francotirador dispara a Peter, pero le da por error a la Tia May.
34: NUEVOS VENGADORES: CIVIL WAR: El Capitán América, con la ayuda de su fiel compañero Falcon, buscan reclutas para su bando. Intentan contactar con Hank Pym, quien los rechaza e intenta capturarlos. Contactan con otros que sí se unen, como Daredevil o Luke Cage. Jessica Jones huye con su hija mientras Luke se une al Capi. Jessica Drew rompe sus lazos con SHIELD y HYDRA, y también se une al Capi. Mientras tanto, Sentry se encuentra reflexionando en la luna, y es capturado por los Inhumanos, que se enteran de la guerra civil, pero Iron Man va en su búsqueda. En la Torre de los Vengadores, un trabajador de Stark intenta matarlo, pero Hill y el resto de SHIELD lo salvan a tiempo, y esta le dice que debería ser el director de SHIELD. Por otra parte, Ojo de Halcón, vivo, contacta con Strange para buscar a Wanda y obtener respuestas. La encuentra en Rusia, donde es una persona completamente nueva, y se acuestan.
35: CAPITÁN AMÉRICA: CIVIL WAR: Sharon Carter se opone a SHIELD y los acuerdos por su amor por el Capitán América. En medio de la guerra se encuentra, e intenta convencerlo de apoyar los acuerdos, mientras SHIELD intenta tenderle una trampa aprovechando su amor. Sharon no traiciona a Steve, y en secreto se opone a los acuerdos. Sharon es evaluada por un empleado, que secretamente es de HYDRA y trabaja para el Cráneo Rojo, además de contar con la ayuda del Doctor Muerte. Mientras, un Bucky ya recuperado trabaja junto a un desaparecido Furia para infiltrarse en SHIELD, y acaba luchando contra HYDRA con la oportuna ayuda de los Jóvenes Vengadores. El Capi también lucha contra HYDRA en secreto, apartándose por momentos de la Civil War.
36: CIVIL WAR: IRON MAN: Tony Stark reflexiona sobre que los políticos se aprovechen de su apoyo a los acuerdos, mientras Happy Hogan es herido por un misterioso villano. Pepper y Stark acuden al hospital, donde finalmente muere Happy. Iron Man cita a el Capi en el Yankee Stadium, para saber si lo mató él. Cuando sabe que no, los Vengadores Secretos llegan y luchan contra Iron Man, incluido Spider-Man. Además, Sue Storm le reprocha a Stark que por su culpa se ha roto su matrimonio. Tony llega a querer pactar con Kingpin por posible información, pero es traicionado. Más tarde, el Capitán América y Iron Man se citan para intentar resolver el conflicto, recuerdan cosas del pasado, pero finalmente no logran llegar a ningún sitio.
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